2000年

3月6日，青海省人民政府同意批准成立青海省心血管病专科医院。同时，青海省机构编制委员会批准省高原医学科学研究所更名为“青海省心血管专科医院”。

2001年

9月27日，省卫生厅批准青海省心血管病专科医院为“三级甲等”心血管病医院。

2003年

1月3日，青海省高原医学研究所高原病中心实验室通过国家卫生部“卫生部高原病重点实验室”专家评审，成为国内第五十一家、西北第二家卫生部重点实验室，吴天一院士任实验室主任和学术委员会主任。5月2日，医院“非典”急救医疗队人员紧急拉练，院领导对战斗在隔离病房的一线职工进行了慰问，表达对战胜疫情的坚定决心。10月15日，中共青海省心血管病专科医院委员会第二次党员大会召开，选举产生新一届医院党的委员会和纪律检查委员会。11月6日，省卫生厅批准医院为青海省临床教学医院。

2004年

2月28日，医院荣获百姓放心医院荣誉称号。10月26日，西北首家、全省唯一专门诊治动静脉系统疾病的血管科在医院正式揭牌。11月25日，第四批青海省医学重点学科实验室特色专科建设项目获批，医院麻醉手术科为青海省重点学科，心血管病介入中心为青海省特色专科。全年开展多项西北、全省首例高精尖手术，心外科技术达到国内先进水平，填补我省外科手术多项空白，标志着医院心外技术不断取得突破。

2005年

6月9日，省发展和改革委员会批准医院建设省心血管病专科医院门诊楼。7月29日，医院获批全国先天性心脏病介入治疗培训基地、全国心律失常介入治疗培训基地。9月30日，时任省委副书记、省长宋秀岩来到医院看望有关专家学者，代表省委省政府向吴天一院士、医院全体医务工作者表示亲切慰问。10月18日，首次先天性心脏病大型普查启动仪式在医院举行，省卫生厅、省民族事务委员会等有关单位领导参加仪式并为队员们送行。

2006年

9月2日至9月6日，第四届国际心血管疾病手术及介入治疗研讨会隆重召开，这次会议是医院首次承办规格最高、规模最大的国际性医学学术会议。11月28日，医院新门诊楼投入使用，门诊患者体验全新的就医环境和服务模式。

2007年

7月31日，省卫生厅批准医院设置青海省心血管病救治中心、青海省介入治疗中心。11月16日，我省首次救治贫困先天性心脏病患儿的“爱心救助”项目在医院启动。

2008年

1月24日，省发展和改革委员会批准医院建设青海省高原医学研究中心大楼项目。1月28日，省卫生厅批准省心血管病专科医院更名为省心脑血管病专科医院。5月12日，四川省汶川县发生地震，医院迅速成立抗震应急领导小组和医疗队，配备急救车及应急物资，奔赴汶川灾区一线。

2009年

4月13日，医院建成我省最大的临床技能培训基地。12月14日，省卫生厅批准医院病床编制从原有240张增加到650张。

2010年

1月23日，医院荣获“全国百姓放心示范医院”，院长王晓勤获“全国百姓放心示范医院优秀管理者”荣誉称号。4月14日，玉树地震发生后，由副院长刘品发带领的医疗队、吴天一院士率领的高原病专家一行到达玉树，开展抢救转送、高原疾病防治培训及预防保障工作。

2011年

2月24日，医院组织健康体检队赴玉树对灾后重建相关省级单位干部职工进行免费健康体检。7月17日，医院与瑞士日内瓦大学共同合作《高原低氧适应》国际项目正式拉开帷幕，该项目由中国工程院院士吴天一与瑞士日内瓦大学运动生理系、苏黎士大学医学院共同协作完成。12月30日，医院被省红十字会评为玉树“4·14”抗震救灾人道特别奉献团体，医院荣获全省卫生系统先进集体。

2012年

7月29日，医院获批青海省心血管疾病诊疗质控中心、青海省心脏介入质控中心。8月21日，医院成立青年志愿者服务队，登记注册成员58名。

2013年

8月14日，中共青海省心脑血管病专科医院委员会第三次党员代表大会换届选举，产生医院第三届党的委员会和纪律检查委员会。8月24日，医院新住院楼正式投入使用。

2014年

9月26日，顺利通过三甲心血管医院复评工作，这标志着医院综合实力又迈上了一个新的台阶。11月29日，在“第九届健康与发展中山论坛”上，吴天一院士荣获2014年吴阶平医学奖，此奖被誉为中国医学界的“诺贝尔”奖，是中国医学界的最高荣誉，吴天一院士为青海历史上获此殊荣的第一人。

2015年

4月17日，医院与瑞典林雪平大学附属心脏中心共同成立中瑞青海心血管合作中心。5月19日，时任副省长高华在省卫计委主任张进京等领导的陪同下，来医院调研指导工作。6月23日，医院建立远程心电和血压诊断中心，实现青海省心电与血压的远程会诊。

2016年

2月2日，医院举行青海省胸痛中心挂牌仪式，胸痛中心的成立有利于完善急救医疗体系，提升心血管专业实力，并造福省内及周边地区广大患者。

2017年

5月28日，省卫生计生委批准医院成立起搏器远程随访中心。10月30日，医院获批青海省心血管病防治中心。12月30日，医院经省深化医药卫生体制改革领导小组办公室批准成立心电网络诊疗中心、青海省心血管专科联盟。

2018年

4月8日，时任省委常委、常务副省长王予波一行莅临医院调研医院基本建设情况。8月7日，医院通过中国胸痛中心认证中心委员会认证，成为中国胸痛中心认证单位，并批准医院胸痛中心牵头成立青海省胸痛中心联盟。8月11日，在国家心力衰竭医联体的倡导下，医院牵头成立国家心力衰竭医联体青海省中心。

2020年

1月28日，医院6名护理人员参加第一批青海省援鄂医疗队，出征武汉。2月7日，2名医师参加省红十字会组建的一线救援队赴湖北武汉开展救护工作。9月19日，荣获卫生健康系统“全国文明单位”荣誉称号。12月2日，医院被评为青海省抗击新冠肺炎疫情先进集体。

2021年

4月26日，医院“青海省高原病诊疗中心急救、医技大楼”奠基开工，投入建设。7月1日，吴天一院士获得“七一勋章”。获批国家级重点专科：心衰中心，省级重点专科：心脏急救中心。

2022年

3月3日，中国工程院院士吴天一当选感动中国2021年度人物。